É o segundo ano de Jaden na Duel Academy, e muitas coisas mudaram. O chanceler Sheppard deixou o cargo, e agora o Dr. Crowler e seu assistente, o vice-diretor Bonaparte, estão no comando da escola. Enquanto estava em seu dormitório, Jaden é desafiado por um novo aluno conhecido como "A.P.". O duelo foi orquestrado por uma misteriosa vidente que queria que A.P. perdesse para testar as habilidades de Jaden. Jaden vence o duelo e depois descobre que "A.P." é na verdade Aster Phoenix, um duelista profissional da liga — ainda mais habilidoso que Zane. Jaden fica empolgado por ter derrotado um profissional, até descobrir com Dorothy que Aster usou um baralho formado apenas por cartas aleatórias de pacotes, o que deixa Jaden ainda mais animado para desafiá-lo novamente.